Meister der Regionalliga Ost

Nach der Fusion wurde in der Saison 2007/08 der Aufstieg in die Erste Liga als Zweiter nur knapp verpasst. In der Spielzeit 2008/09 belegte der Klub den neunten Platz. Im Jahre 2014 wurde der FAC Meister der Regionalliga Ost und spielte in der Relegation gegen SV Austria Salzburg, den Meister der Regionalliga West, um den Aufstieg in die Erste Liga, und setzte sich dabei auswärts überraschend klar mit 3:0 durch, nachdem man sich im Heimspiel mit 2:2 getrennt hatte. Damit kehrte der FAC unter Trainer Hans Kleer nach 47 Jahren wieder in die zweitklassige Profiliga in Österreich zurück.

Der FAC in der Ersten Liga

Die Saison 2014/15 verlief durchwachsen und der Verein befand sich die gesamte Saison über am hinteren Tabellenende. Im April 2015 trennte sich der FAC schließlich von Trainer Kleer, der durch Peter Pacult ersetzt wurde. Dieser schaffte knapp den Klassenerhalt, musste aber im September 2015 nach einem katastrophalen Saisonstart in der Saison 2015/16 mit 10 Niederlagen in den ersten 10 Saisonspielen und dem Cup-Aus gegen Landesligisten FC Lankowitz gehen. Er wurde interimistisch durch Thomas Flögel ersetzt. Ihm folgte Felix Gasselich nach, der jedoch keine Trendwende herbeiführen konnte. Bis zur Winterpause erzielte der FAC lediglich 5 Punkte aus 19 Saisonspielen. Im Jänner 2016 haben der Verein und Gasselich deshalb im beiderseitigen Einvernehmen die Zusammenarbeit beendet. Zum Saisonende belegte der FAC abgeschlagen mit nur 17 Punkten aus 36 Spielen den letzten Platz und stand damit als Fixabsteiger fest. Da jedoch der Ligakonkurrent SV Austria Salzburg aufgrund finanzieller Probleme in die Regionalliga abstieg und auch der Absteiger aus der Bundesliga (SV Grödig) keine Lizenz für den Profibetrieb beantragte, blieb der FAC auch in der Saison 2016/17 der Ersten Liga erhalten.

Zur Saison 2017/18 übernahm Thomas Eidler, als neuer Cheftrainer, die Mannschaft des FAC Wien. Trotz eines schwachen Saisonstarts überwinterte die Mannschaft mit einem Fünf-Punkte-Vorsprung auf den Tabellenletzten Blau Weiß Linz. Kurz nach Beginn der Frühjahres-Saison gab Thomas Eidler seinen Rücktritt bekannt, um eine Funktion beim ÖFB zu übernehmen. Mario Handl, Trainer der FAC-Amateure und Co-Trainer der Kampfmannschaft übernahm in Folge bis zum Saisonende. Höhepunkt einer guten Rückrunde war der 2:0-Auswärtssieg bei Wacker Innsbruck am letzten Spieltag. Es war der erste Sieg einer FAC-Mannschaft am Tiroler Tivoli in der Vereinsgeschichte, der dem FAC am Ende der Saison den neunten Platz bescherte. Aufgrund der Ligareform wäre ein Abstieg in der Saison 2017/18 allerdings ohnehin nicht möglich gewesen. Noch vor Saisonende präsentierte der FAC mit Oliver Oberhammer den neuen Cheftrainer für die Saison 2018/19. Mario Handl fungiert seit dem wieder in seiner Funktion als Co-Trainer der Kampfmannschaft und Cheftrainer der Amateur-Mannschaft.